Repressiyanın qızğın çağlarında Qarabağa üz tutan Allahyar Musayev, 1941-ci ildə vətən müharibəsinin alovları içinə atılıb. Mayor rütbəsini qazanaraq İrana göndərilən Sovet ordusu birləşməsinin siyasi rəhbəri kimi xidmət edib. Ordudan qayıtdıqdan sonra Ali Partiya məktəbini və Azərbaycan Dövlət Universitetinin Coğrafiya fakültəsini bitirir və Mircəfər Bağırovun təsdiqi ilə Ağdərə rayonuna 2-ci katib vəzifəsinə göndərilir. Allahyar Musayev tezliklə Ağdərə rayonunun 1-ci katibi təyin olunur. Bu şəxs, 1955–1960-cı illərdə Maarif nazirinin müavini vəzifəsinə qədər yüksəlib.
