Ağdərə rayonu Dağlıq Qarabağdakı bir çox ərazilər kimi Qarabağ müharibəsinin başlanğıcında- 7 iyul 1993-cü ildə işğal edilmişdi. 19–20 sentyabr 2023-cü ildə Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin antiterror tədbirləri nəticəsində Ağdərə şəhəri Azərbaycanın nəzarətinə qayıtmışdır. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev 2023-cü ilin oktyabrın 15-də Ağdərə şəhərində Azərbaycan Respublikasının Dövlət Bayrağını ucaldıb. 2024-cü il sentyabrın 20-də Ağdərə şəhər günü elan olunub.13 yanvar 2026-cı il tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Ağdərə şəhərinə səfər edib, şəhərin Baş planı ilə tanış olmuşdu.
