Xankəndi digər Azərbaycan şəhərlərinin əksəriyyətindən nisbətən cavan olması ilə fərqlənir. Arxiv sənədlərinə görə, şəhər XVIII əsrin axırlarında Qarabağ xanlarının istirahəti üçün yaşayış məskəni kimi salınıb. Xanların fəaliyyətinə maksimum şərait yaradılması üçün məskən xanlığın paytaxtı Pənahabadın (indiki Şuşanın) 10 kilometrliyində, nisbətən dağ ətəyində salınır. Bu yer təsadüfən seçilməmişdi. Xanların həm istirahəti, həm də dövlət işlərini rahat idarə etməsi üçün Xankəndinin strateji mövqeyi son dərəcə əhəmiyyətli idi. Bundan başqa məskənin, Ağdama, Xocalıya, Malıbəyliyə, Kərkicahana və digər vacib yaşayış məntəqələrinə yaxınlığı da şüurlu şəkildə nəzərə alınmışdır. İlk illər yeni yaşayış məskənində ancaq xan ailəsi və onun yaxınları yaşadığından el arasında “Xanın kəndi” kimi tanınır. Qısa bir müddətdən sonra bura Xankəndi adını alır. Qarabağ xanlığını zorla Rusiya İmperiyasına birləşdirən 1813-cü il Gülüstan müqaviləsinə qədər Xankəndi ancaq xan ailəsinin və ona yaxın azsaylı əyanların yaşadığı kiçik yaşayış məskəni kimi formalaşmışdı. Rusiyanın Qarabağı işğal etməsi bütün bölgələrə olduğu kimi, Xankəndinin də taleyinə ciddi təsir edir. Rusiya işğalından dərhal sonra burda çar ordusunun Qafqaz Süvari Diviziyasının qərargahı və kazarmaları yerləşdirilib. 1813-cü ildə Xankəndidə heç bir erməni və rus ailəsi yaşamasa da, artıq 1847-ci ildə orada 80 erməni, 52 rus ailəsi yerləşdirilmişdi.
Qarabağ müharibəsi dövrü
1988-ci ildə Ermənistan SSR-dən gəlmiş erməni millətçi emissarlarının təşkilatçılığı ilə Xankəndidə ermənilər Dağlıq Qarabağın Azərbaycandan qoparılaraq Ermənistana verilməsi tələbi ilə icazəsiz mitinqlərə başladılar. İlk mitinq 13 fevral 1988-ci ildə Xankəndinin mərkəzi meydanında təşkil olundu. Bundan bir həftə sonra, 20 fevralda Dağlıq Qarabağ Ali Sovetindəki erməni deputatlar qanunsuz olaraq vilayətin Azərbaycanın tərkibindən ayrılaraq Ermənistan SSR-ə birləşdirilməsi məsələsini qaldırdı. Bu, Dağlıq Qarabağın azərbaycanlı icmasının haqlı narazılığına səbəb oldu. Bundan sonra Sovet rəhbərliyi vəziyyəti stabilləşdirmək üçün Xankəndiyə Daxili Qoşunların batalyonunu göndərdi. Həmin aylardan etibarən ermənilərin azərbaycanlılara qarşı terroru başlandı. Xankəndidə olan azərbaycanlıların evlərinə basqınlar təşkil edildi. 1988-ci ilin yayında Xankəndi Uşaq Xəstəxanasında həkim-rentgenoloq işləyən əslən ağdamlı şəxs ermənilər tərəfindən xəstəxananın həyətində döyülərək, qətlə yetirilib.
28 iyun 1989-cu il tarixində ermənilər tərəfindən Badara qəsəbəsindən Meşəliyə gedən şose yoluna qoyulmuş partlayıcı qurğunun işə düşməsi nəticəsində maşındakı 6 nəfər mülki azərbaycanlı ağır yaralanmışdır.
1990-cı il may ayında Bakı-Xankəndi qatarı və Xankəndi-Ağdam avtobusu partladılır.
1990-cı ilin iyununda Xankəndili Əşrəf və Ələmşah adlı iki qardaş 336-cı moto-atıcı alayın qarşısında diri-diri yandırılır.
15 sentyabr 1991-ci ildə Xankəndidəki radio-televiziya stansiyası partladılmışdır.
1991-ci il yanvarın 5-də Kərkicahan ərazisinə ermənilər tərəfindən hücumlar olunur. Beləcə qəsəbə 3 nəfəri itirir. Lakin erməni tərəfindən də, çoxlu itkilər olur.
1991-ci il fevralın 4-də ermənilər azərbaycanlılar yaşayan bir neçə binanı partladır, güllələyirdilər.
1991-ci ilin yayında Xankəndi-Şuşa avtomobil yolunda SSRİ DİN Daxili Qoşunlar mayoru L. Xomiç qətlə yetirilmişdir.
Terror, sui-qəsd və hücum aktları. Beləliklə, 1988-ci ilin sentyabr ayında ermənilər Xankəndi şəhərində yaşayan bütün etnik azərbaycanlıların hamısını zorla şəhərdən qovurlar.
Şəhər üzərində Azərbaycanın nəzarətinin bərpası
2023-cü ilin sentyabr ayında keçirilmiş antiterror əməliyyatı nəticəsində Azərbaycan Xankəndi şəhərinə nəzarətini bərpa etdi.
