Xocalı rayonu 1991-ci il noyabr ayının 26-da Əsgəran rayonu bazasında yaradılmışdır. Belə ki, “Azərbaycan Respublikasının Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətini ləğv etmək haqqında” Azərbaycan Respublikasının 26 noyabr 1991-ci il tarixli 279-XII nömrəli Qanunun 4-cü hissəsi ilə qərara alınmışdır: “Xocalı şəhəri mərkəz olmaqla Xocalı rayonu yaradılsın, ləğv edilmiş Əsgəran rayonunun ərazisi Xocalı rayonunun tərkibinə verilsin”. Xocalı 1992-ci il fevralın 25-dən 26-na keçən gecə Ermənistan Silahlı Qüvvələri tərəfindən Rusiyanın 366-cı motoatıcı alayının iştirakı ilə işğal edilmiş, Xocalı soyqırımı törədilmişdir. Xocalı soyqırımı nəticəsində 63-ü uşaq, 106-sı qadın, 70-i qoca və qarı olmaqla, 613 dinc Xocalı sakini qətlə yetirilib, 8 ailə tamamilə məhv edilib, 25 uşaq hər iki valideynini, 130 uşaq valideynlərindən birini itirib.Düşmən gülləsindən 76-sı uşaq olmaqla, 487 nəfər yaralanıb. 1275 nəfər əsir götürülüb. Azərbaycan Silahlı Qüvvələri tərəfindən 2020-ci ilin noyabr ayının 7-də rayonun Baharlı, Qarabulaq, noyabrın 9-da Çanaqçı, Dəmirçilər, Mədətkənd, Sığnaq, noyabrın 10-da isə Yuxarı Yemişcan kəndi işğaldan azad edilmişdir. 10 noyabr 2020-ci il tarixli üçtərəfli bəyanata uyğun olaraq qalan ərazilər, Rusiya Sülhməramlı kontingentinin nəzarəti altına keçmişdir. 26 mart tarixində Azərbaycan ordusunun həyata keçirdiyi Fərrux əməliyyatı nəticəsində Fərrux kəndi və Fərrux dağı azad olunmuşdur. 19–20 sentyabr 2023-cü ildə aparılan lokal xarakterli antiterror əməliyyatlarından sonra Xocalı rayonu və kəndləri Azərbaycan ordusunun nəzarətinə geri qaytarılmışdır. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev oktyabrın 15-də Xocalı şəhərində Azərbaycan Respublikasının Dövlət Bayrağını ucaldıb. Prezident İlham Əliyevin 2024-cü il sentyabrın 18-də imzaladığı sərəncama əsasən 20 Sentyabr Azərbaycanda Xocalı şəhəri günüdür. Xocalı şəhərinə ilk köç 2024-cü il mayın 28-də olub.
